Militar y político, fue gobernador de Entre Ríos, líder del Partido Federal y Presidente de la Confederación Argentina entre 1854 y 1860.En la década de 1820 fue electo diputado en el congreso provincial por los vecinos de Concepción del Uruguay. Dirigió la oposición a la Constitución Argentina de 1826, que fue rechazada por su provincia. Desde 1828 en adelante fue comandante militar y civil de Concepción del Uruguay.
Acompañó la campaña militar que llevaría a Pascual Echagüe a la gobernación de Entre Ríos. Urquiza fue nombrado comandante de toda la costa del río Uruguay, con el grado de coronel. En forma paralela prosperó como hacendado y comerciante y desarrolló una red de apoyo político.El 15 de diciembre de 1841, la legislatura eligió a Justo José de Urquiza como Gobernador de Entre Ríos.
En coincidencia con su iniciación masónica (1847), se produjo en Urquiza un fuerte cambio de actitud en su visión como gobernante y estadista, se rodeó inclusive de nuevos colaboradores. Gobernó desde Concepción del Uruguay, participó activamente de las campañas de Corrientes y Uruguay, extendió la ganadería, apoyó la instalación de saladeros de carne vacuna, hizo exigir la papeleta de conchabo a todos los peones rurales, mejoró los caminos y los puertos, instaló molinos de agua, y ayudó al establecimiento de pequeñas industrias. Ejerció un poder de policía muy eficaz para el mantenimiento del orden, la contabilidad adquirió una precisión desconocida al amparo de un prolijo control fiscal, redujo el gasto público e hizo publicar mensualmente en los diarios la nómina de gastos e ingresos.
En materia educativa estableció nuevas escuelas públicas primarias y secundarias. Durante su gestión, tres periódicos se publicaron en forma simultánea, se crearon teatros, escuelas secundarias de mujeres, bibliotecas públicas, convocó a emigrados ilustres, entre ellos Pedro Ferré, Manuel Leiva, Nicasio Oroño y Marcos Sastre y contribuyó a la adquisición de la sede y decoración de la Logia Jorge Washington de Concepción del Uruguay. El Supremo Consejo de la República Oriental del Uruguay le otorgó el Grado 18 de la Masonería.
A mediados de 1850, cuando la sitiada Montevideo estaba por caer, el Imperio del Brasil decidió apoyar a los asediados. En respuesta, Rosas lanzó la guerra contra el Imperio y designó a Urquiza como comandante del ejército de operaciones, le envió armamento y refuerzos.Sin embargo, en enero de 1851 apareció un suelto en el periódico La Regeneración de Concepción del Uruguay titulado El año 1851que indicó el comienzo de la ruptura de Urquiza con Rosas.
El 1º de mayo de 1851, se anunció el Pronunciamiento de Urquiza, según el cual la legislatura entrerriana aceptó las repetidas renuncias de Rosas a la gobernación de Buenos Aires y a permanecer al frente de las relaciones exteriores. Reasumió también el manejo de la política exterior y de guerra de la provincia y reemplazó en los documentos "¡Mueran los salvajes unitarios!", por "¡Mueran los enemigos de la organización nacional!".
Corrientes fue la única provincia que apoyó el Pronunciamiento. De inmediato, Entre Ríos firmó un acuerdo con el gobierno de Montevideo y el Imperio del Brasil para expulsar a Oribe, llamar a elecciones libres en todo el territorio uruguayo, y enfrentar a Rosas.
Urquiza reunió en Entre Ríos el "Ejército Grande", con tropas locales, correntinas, emigrados unitarios, los soldados argentinos del sitio a Montevideo, unidades "coloradas" del ejército uruguayo y tropas del Imperio. Rosas []esperó a Urquiza cerca de su campamento de Santos Lugares. Ambos ejércitos se encontraron el 3 de febrero de 1852 en la batalla de Caseros. En pocas horas el triunfo fue para Urquiza, Rosas se exilió en Inglaterra, Urquiza asumió el gobierno bonaerense y designó gobernador al hermano masón Vicente López y Planes. Rápidamente envió al interior a Bernardo de Irigoyen, también hermano masón, con la misión de entrevistarse con los mandatarios provinciales e invitarlos a una reunión de gobernadores en San Nicolás de los Arroyos. El encuentro se desarrolló en los últimos días de mayo, se acordó reunir un Congreso Constituyente en Santa Fe con dos diputados por provincia y se otorgó a Urquiza el cargo de Director Provisorio de la Confederación.La legislatura porteña rechazó el Acuerdo, Urquiza disolvió la legislatura.
El Congreso sesionó sin la presencia de Buenos Aires, y aprobó una Constitución federal y liberal, adaptada por José Benjamín Gorostiaga del proyecto del hermano masón Juan Bautista Alberdi contenido en su ensayo Bases y puntos de partida para la organización política de la República Argentina (1852). Reconocía también la influencia de la Constitución de Estados Unidos y de la Constitución Argentina de 1826.El 1º de mayo de 1853 se sancionó la Carta Magna que fue jurada el 9 de julio en todas las capitales provinciales.
El Congreso Constituyente se hizo cargo del Poder Legislativo, designó a Paraná capital de la República hasta que se uniera Buenos Aires, aprobó con Francia e Inglaterra un tratado de libre navegación de los ríos. En marzo del año siguiente, los Colegios Electorales de las provincias eligieron a Urquiza Presidente de la Confederación Argentina, acompañado por Salvador María del Carril, hermano masón, fundador de la Logia San Juan de la Frontera Nº 33, como Vicepresidente. Asumieron el 1º de mayo de 1854.
Urquiza priorizó la educación, la instalación de tribunales de justicia, también nacionalizó el Colegio y la Universidad de Córdoba y el Colegio de Concepción del Uruguay, presentó proyectos para la construcción de un ferrocarril hasta Córdoba, erigió edificios públicos en Paraná, y comenzó la instalación de colonias agrícolas de inmigrantes en Entre Ríos y en el resto del país. Buenos Aires se separó de la Confederación.
Juan B. Alberdi fue destinado a Europa donde estableció relaciones cordiales y logró que España reconociera la independencia argentina.El plan económico trazado por Mariano Fragueiro, primer ministro de Economía de la Confederación, no arrojó los resultados previstos. Entonces, el gobierno de Urquiza contrajo empréstitos en el exterior, especialmente de la banca del brasileño Barón de Mauá. Como la situación no mejoró, se sancionó la ley de "derechos diferenciales" para favorecer la entrada del comercio exterior directamente por los puertos de la Confederación, especialmente por Rosario.
Transcurrido un lustro del mandato de Urquiza, Buenos Aires se rebeló contra la Confederación. En 1859 fue asesinado el caudillo sanjuanino Nazario Benavídez, Urquiza exigió la entrega de los asesinos e intervino el gobierno bonaerense. Buenos Aires optó por la guerra, y Urquiza derrotó al general Bartolomé Mitre en la batalla de Cepeda, avanzó hacia Buenos Aires y exigió la reincorporación a la Confederación.La Masonería, instalada institucionalmente dos años atrás, tuvo entonces activa participación en la búsqueda de la definitiva pacificación.En 1857, se habían constituido el Supremo Consejo Grado 33 y la Gran Logia del Gran Oriente Argentino, presididos ambos por José Roque Pérez. El país estaba dividido entre unitarios y federales, porteños y provincianos. En ese contexto, las Logias Unión del Plata N° 1 y Confraternidad Argentina N° 2, se propusieron alcanzar la unión y confraternidad de la dividida sociedad argentina, lograr la armonía y pacificación del país, unificar los criterios, zanjar los diferendos políticos y evitar la lucha fratricida.
En la noche del 27 de junio de 1860, el Presidente de la Confederación Argentina, Dr. Santiago Derqui, recibió en Paraná una comunicación del Gobernador de Buenos Aires, Bartolomé Mitre, quien a instancias de la Masonería lo invitaba a visitar la Ciudad de Buenos Aires para asistir a los actos oficiales del 9 de julio donde se celebraría un nuevo aniversario patrio. Urquiza, gobernador de Entre Ríos y presidente del Partido Federal, recibió una invitación idéntica.
El 6 de julio, Derqui y Urquiza llegaron a Buenos Aires acompañados de una importante comitiva. Culminados los festejos populares organizados por el Gran Oriente Argentino de la Masonería, se acordó la celebración de una tenida en la sede de la Institución para el 21 de julio a la que se denominó Tenida de la Unidad Nacional, con activa participación de las Logias Unión del Plata y Confraternidad Argentina.
La tenida fue presidida por José Roque Pérez, y durante su transcurso se otorgó el Grado 33 a Bartolomé Mitre, (Gobernador de Buenos Aires, unitario), Domingo Faustino Sarmiento, (unitario), Santiago Derqui (Presidente de la Confederación Argentina, federal), Justo José de Urquiza (Gobernador de Entre Ríos, federal) y a Juan Andrés Gelly y Obes, Jefe del Estado Mayor durante la Triple Alianza y hombre de la estrecha confianza de Mitre.
Los invitados fueron recibidos por el Supremo Consejo Grado 33 en pleno y por los Venerables Maestros (presidentes) de todas las logias de Buenos Aires. Tras los saludos, el Soberano Gran Comendador se retiró con los miembros del Supremo Consejo, en tanto una comisión especial condujo al resto a un templete próximo, donde les fue otorgada la más alta distinción de la Masonería, el Grado 33. De regreso al Templo Central, fueron recibidos con incesantes salvas de aplausos y vivas a la patria.
Ocupando el alto sitial del centro, el Dr. Roque Pérez sentó a su derecha al Presidente Derqui y a su izquierda al Gobernador Mitre; en los sitios especiales e igualmente destacados de la cabecera tomaron ubicación el Gobernador de Entre Rios Justo José de Urquiza, los ministros porteños Sarmiento y Gelly y Obes. De inmediato, Urquiza y Mitre, con sus manos sobre el Libro de Ley Sagrada, la Escuadra y el Compás, prestaron el solemne juramento y se comprometieron: “A OBLIGARSE POR TODOS LOS MEDIOS POSIBLES A LA PRONTA PACIFICA CONSTITUCION DEFINTIVA DE LA UNIDAD NACIONAL”.
José Roque Pérez pronunció entonces un discurso en cuyos párrafos salientes expresó que “un gran acontecimiento nos reúne y agrupa en este lugar... es la presencia del Presidente de la República Argentina, del Primer Magistrado de Buenos Aires y del Gobernador de Entre Ríos, que vienen a tomar un asiento entre nosotros, no en calidad de Magistrados, sino en la de hermanos y fieles sostenedores de nuestra Orden”“…Estos nombres simbolizan ya lo que veis hoy realizado, después de cinco años de luchas desgarradoras, la una el Jefe de la República, y los dos guerreros que cruzaron sus espadas en el campo de batalla, firmada la paz se daban el abrazo de hermanos que es la verdadera UNIÓN NACIONAL ARGENTINA”....”
Como símbolo de la Unión Nacional, Bartolomé Mitre (Jefe del Partido Unitario), y Justo José de Urquiza (Jefe del Partido Federal), se afiliaron a la Logia Confraternidad Argentina N° 2 que, a partir de ese momento también se conoció como Logia de la Unidad Nacional. Por su parte la Logia Unión del Plata Nº 1, a la que pertenecía Derqui, proclamó miembro de honor a Urquiza quien retribuyó a través del Dr. Pedro Díaz de Vivar con una medalla conmemorativa del Primer Aniversario del Pacto de San José de Flores para cada dignatario de la Gran Logia de la Argentina y los miembros del Supremo Consejo, “en prenda de reconocimiento por vuestro eficaz apoyo para obtener la pacificación”. Por entonces, Buenos Aires revisó la Constitución, propuso modificaciones que fueron aceptadas en una nueva Convención Constituyente reunida en Santa Fe.
El 9 de agosto de 1861, la Logia Asilo del Litoral de Paraná proclamó a Urquiza miembro de honor. Con todo, nuevas desavenencias entre Buenos Aires y la Confederación determinaron una nueva contienda, esta vez en Pavón. Pese a que las fuerzas de la Confederación tenían asegurado el triunfo, Urquiza se retiró del campo de batalla para obtener la pacificación definitiva y se dirigió a Entre Ríos. En coincidencia con ese gesto, el Presidente Derqui y el Vicepresidente Pedernera renunciaron a sus cargos y entre todos abrieron el camino a la presidencia de Bartolomé Mitre.
Urquiza mantuvo la autonomía del gobierno de Entre Ríos y conservó el cargo de gobernador. Hubo un acuerdo tácito con Mitre, por el cual éste nunca se enfrentó políticamente a Urquiza. A cambio, Urquiza se mantuvo neutral durante todas las rebeliones federales de esa década. Urquiza también otorgó su apoyo político al Presidente Domingo Faustino Sarmiento. Mitre y Sarmiento fueron huéspedes de Urquiza en el Palacio San José, ambos fueron recibidospor separado con honores excepcionales: pasaron entre una doble fila de gauchos formada como guardia de honor entre el puerto de Concepción del Uruguay y el Palacio San José.
Urquiza murió asesinado en el Palacio San José el 11 de abril de 1870. Había nacido el 18 de octubre de 1801.
